|
|
Study on the relation between G-quadruplexes and p53-driven regulation
Holotová, Paulína ; Vodička, Juraj (referee) ; Brázda, Václav (advisor)
Táto práca sa zaoberá úlohou štruktúr G-kvadruplexov, ich stabilizáciou pomocou ligandov a úlohou p53 v regulácii transkripcie. G-kvadruplex je typ sekundárnej štruktúry nukleovej kyseliny zloženej z 2 – 4 tetrád. Každá tetráda je tvorená štyrmi guanínmi spojenými prostredníctvom Hoogstenovho párovania báz. Táto práca pozostáva z teoretickej a experimentálnej časti. V teoretickej časti bola opísaná podstata G-kvadruplexových štruktúr a ich potenciál pri liečbe rakoviny, úloha p53 v bunkovom cykle a jeho regulácia a ligandy kurkumín a TMPyP4 použité na stabilizáciu G4. V experimentálnej časti sa študovali interakcie ligandov kurkumínu a TMPyP4 so štruktúrami nukleových kyselín. Reportérové kmene kvasiniek obsahujúce PUMA, KSHV aich kombinácie boli transformované plazmidmi kódujúcimi iba selekčné markery a plazmidmi kódujúcimi divokú formu génu pre proteín p53. V teste životaschopnosti, optimálna koncentrácia ligandov (kurkumínu a TMPyP4) bola stanovená pre reportérový kmeň PUMA, ktorá sa ďalej použila v Luciferázovom teste. Test vytesnenia fluorescenčného indikátora s tioflavínom T ako fluorescenčným farbivom dokázal interakciu medzi oligonukleotidmi tvoriacimi G4 a kurkumínom a TMPyP4. Luciferázový test sa použil na vyhodnotenie interakcie medzi transformovanými reportérovými kmeňmi kvasiniek a oboma ligandmi. Výsledky po 24 hodinách ukázali štatistickú významnosť pre každý kmeň v rovnakom prostredí, pričom kmeň PUMA vykazoval najvyššiu transaktivačnú aktivitu - insert PUMA je cieľovým génom pre p53. Kmene s PUMA aj KSHV vykazovali významne nižšiu transaktivačnú aktivitu, keďže prítomné ligandy mohli stabilizovať štruktúru G4 prítomnú v KSHV, a tým znížiť transkripciu. Prítomnosť G4 v sekvencii KSHV sa potvrdila aj pomocou programu G4Hunter, pričom G4Skóre bolo 3,182. Transaktivácia bola výrazne nižšia aj v kmeňoch PUMA prítomných v prostredí kurkumínu a TMPyP4, aj napriek tomu, že táto sekvencia netvorí G4, čo potvrdil aj program G4Hunter. To naznačuje, že študované ligandy kurkumín a TMPyP4 môžu regulovať metabolizmus buniek iným spôsobom, ako sa doteraz predpokladalo.
|
guest ::
